Metode Farmakologi 7
ONIOM adalah suatu teknik perhitungan dengan membagi sistem menjadi beberapa lapisan (layer), bisa menjadi dua atau tiga lapisan dengan metode kimia komputasi yang berbeda. Untuk lapisan yang dalam atau ikatan antara ligan dan residu dari reseptor estrogen α dan β disebut sebagai “high layer”. Pada high layer ini optimasi dan energi dihitung menggunakan metode QM (Quantum Mechanics) sedangkan lapisan yang tidak berikatan langsung dengan ligan, disebut lapisan “low layer”. Lapisan low layer ini optimasi dan energi dihitung menggunakan MM (Molecular Mechanics).
berikut link video ligan-protein dengan mekanika kuantum
Berdasarkan jurnal tersebut dikatakan bahwa estrogen terdiri dari dua tipe yaitu alfa dan beta. Pertanyaan saya pada simulasi docking bagaimana agar ligan hanya berikatan dengan atau menggabungkan diri ke li gan beta saja?
ReplyDeleteProtein-ligan buta perkaitan adalah A kuat metodeuntuk menjelajahi itu mengikat situs dari reseptor Dan itusesuai mengikat pose dari ligan.
DeleteApa prinsip metode ONIOM?
ReplyDeleteONIOM merupakan perhitungan
Deleteoptimasi energi antara ligan dan REβ
dimana letak ligan telah ditentukan dari
hasil docking autodock vina pada energi
afinitas yang paling rendah, kemudian
dioptimasi untuk menentukan energi
yang paling rendah, dan diketahui muatan
mulliken untuk menentukan sisi aktif dari
RE β.
Energi binding antara ligan dan
reseptor ditentukan dengan melakukan
perhitungan energi RE β dengan ligan
kemudian dikurangi hasil penjumlahan
energi reseptor α tanpa ligan dengan
energi ligan
Apa sisi aktif ligan yang berinteraksi dengan reseptor?
ReplyDeletesetiap kelas ligan menunjukkan mode interaksi yang berbeda terutama dengan TM5 dan TM6, mengubah bentuk dan akhirnya keadaan reseptor. Temuan kami memberikan prospektif wawasan tentang penemuan obat berbasis struktur yang ditargetkan GPCR.
Delete